Гениальный ученый Ширагами создал супер организм Биолант, используя для этого радиоактивные клетки Годзиллы, за которыми охотится международная мафия. А в это время извержение вулкана возродило спящего на дне Токийского залива Годзиллу к жизни. Жители Япония в панике — встреча двух монстров неизбежна и выживет только один из них. И на этот случай силы обороны приготовили своё новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого они готовы уничтожить уцелевшего монстра.